Den unga ensamstående Helene lever i en stad i östra Tyskland. Andra världskriget härjar och ryssarna är på väg att erövra område efter område. Hemma i lägenheten sitter sonen Peter och väntar medan Helene är på sjukhuset där antalet skadade hela tiden växer. Hennes sjuksköterskekall ställs mot behovet att skydda Peter. Sjukhusledningen frågar allt oftare efter hennes identitetshandlingar. Ryktet i staden viskar att Helenes mor är judinna. Helene har lyckats hemlighålla sitt ursprung men till slut blir situationen ohållbar och hon bestämmer sig för att försöka fly. Hon packar en väska och tillsammans med Peter beger hon sig utmed tågrälsen till nästa station där tågen sägs stanna. På tågstationen lämnar Helene sin son på en bänk. Hon säger att han ska sitta där och vänta. Peter väntar och väntar men Helene har försvunnit.Detta är inledningen på ett storslaget och drabbande familjeepos om Helene och hennes syster Marthas liv. Vi får följa deras uppväxt under första världskriget när deras far drar ut i kriget och de lämnas ensamma med sin allt mer sjuka mor. Vi följer dem när de lyckas ta sig till Berlin och det bekymmersfria livet under det dekadenta 20-talet vilket förvandlas till kampen för överlevnad under andra världskriget. Hjärtats blinda fläckar är en gripande roman om hur livets grymhet ibland överskuggar kärleken.