Svarta Fanor uppfattades av samtidskritikerna som en nyckelroman och blev inledningen till den så kallade Strindbergsfejden. Den liberala pressen kom nu på allvar se Strindberg som ett hot. Boken ansågs inte värd att recensera som den svulstiga pamflett den var. Strindberg gjorde heller inte mycket för att dölja förebilderna för personerna i boken. Zachris, romanens främsta offer, är en karikatyr av författaren Gustaf af Geijerstam. Porträttet av Zachris och hans hustru Jenny är oöverträffat i sin elakhet. Hanna Paj, med sin röda näsa och sina försåtliga intriger, representerar Ellen Key, som genom sitt engagemang för kvinnans frigörelse var ett rött skynke för Strindberg. Så visst får man sig till livs i Svart fanor kanske en av den svenska litteraturens mest infama och geniala nidporträtt. Svarta Fanor är emellertid mer än en satirisk tidsskildring. Det är också en roman som tar stark ställning emot de åttiotalsradikaler, som till skillnad från Strindberg själv, förblivit ateister och ställt sig bakom de "svarta fanorna”.