Familjen Baraka lever ett stilla liv i byn Beit Daras, belägen i Palestina längs den gamla karavanvägen mellan Egypten och Syrien. Umm Mamdouh (ordagrant Mor till Mamdouh) blir tidigt änka och är känd i byn för att stå i nära förbindelse med djinnen Sulayman. Hennes tre barn växer alla upp till starka och självständiga individer. Äldsta dottern Nazmiyeh har en vass tunga och är den som hämtar hem modern från hennes irrande strövtåg i omgivningarna. Sonen Mamdouh blir tidigt familjens överhuvud, lär sig allt om biodling och hamnar till slut i USA. Den yngsta dottern Mariam har begåvats med ett grönt och ett brunt öga, lär sig läsa på helt egen hand och har en trälåda fylld med drömmar.

Men livet för familjen Baraka förändras dramatiskt 1948 när israeliska styrkor stormar byn och ödelägger den i samband med att den israeliska staten utropas. Umm Mamdouh och hennes barn tvingas ut på en lång vandring mot Gaza för att de där ska finna en fristad, en vandring som ger återverkningar på kommande generationer. Sextio år senare lever Mamdouhs barnbarn Nur i USA. Hon förälskar sig i en palestinsk läkare och följer efter honom till Gaza. Där lär Nur känna sin släkt genom Nazmiyehs dotter Alwan och barnbarnet Khaled, en pojke som drabbats av locked-in-syndrome efter en bombräd och därför inte kan kommunicera annat än genom blinkningar.

Det blå mellan himmel och hav är en vacker och sorglig berättelse om palestinskt kvinnoliv, om uppbrott och förflyttningar, separationer och hjärtesorger, men också om överlevnad, familjesammanhållning trots enorma avstånd och om kärlek.