Brunnen tar vid åtta veckor efter att Flykten slutade. Det är sommar och de tre föräldralösa systrarna Tuva, Vilda och Månfare har återvänt till Toms stuga. Den fjärde systern är fortfarande försvunnen, de misstänker att hon är död, men vet inte säkert. Även Tom och hans föräldrar kommer tillbaka till stugan.
Tillsammans bestämmer de sig för att ta reda på vad som faktiskt har hänt den fjärde systern. De läser i en bok om en gammal sörmländsk sägen, om de sju brunnarnas stig. Det sägs att stigen är 8 888 meter lång, den passerar förbi sju brunnar och leder fram till en skogstjärn genom vilken man ska kunna få tillbaka människor till livet. De tre systrarna och Tom ger sig ut på jakt efter den sjunde brunnen och sanningen om Tilda.
Tredje delen i Petrus Dahlins populära spökserie Skogens systrar.