Sex månader efter invasionen av Australien förbereder sig Ellie och hennes vänner för att utföra sin största attack någonsin. Deras mål denna gång är den för fienden så viktiga djuphamnen i Cobbler¿s Bay. Uppgiften är dem egentligen övermäktig. Hamnen är hårt bevakad och fiendesoldater svärmar överallt. Själva saknar de både vapen och kunskap för en sådan operation. Rädda och fyllda av tvivel sätter de sin plan i verket. När allt är över har de passerat ytterligare en gräns i sin mänsklighet och förmåga. Ellie och de andra plågas av frågor om vad som blivit av dem och vart de kan fly. I ett land som tycks för alltid förlorat kämpar de för att överleva och hjälpen utifrån är oändligt avlägsen. I Den tredje dagens kyla konfronteras läsaren åter med det undermedvetnas frågor om rätt och orätt, liv och död, kärlek och ondska som först ställdes i I morgon när kriget kom och När natten är som mörkast.