Matilda har accepterat, till skillnad från hennes mamma, Molly, att hon är annorlunda, hon har ju gudomligt påbrå. Hon tycker att det vardagliga livet är outhärdligt tråkigt. Hon vill uppleva fler äventyr som hon gjorde i Johannesnatten (1992) och i Drakens ö (1997). Matilda saknar sim mormor Kaia. På sätt och vis är det genom henne Matilda får sitt sista uppdrag, via Kaias kvarglömda diskett (från Drakens ö). Till en början förstår inte Matilda någonting av uppdraget, mer än att det ska kommer att beröra någon som heter Sabine. Pelle, Mollys sambo, har bildat ett nytt band och där sjunger en invandrartjej vid namn Sabine. Hon blir nerslagen av ett rasistgäng, skadas svårt och blir liggande i koma. Matildas pojkvän Jonatan blir anklagad för dådet, men han är oskyldig. Jonatans och Matildas kärlekshistoria stärks och fördjupas. I skolan jobbar Matilda med ett projekt om myter. Om de myter som handlar om nedstigningar i underjorden för att hämta upp något som har tagits ifrån en. Till slut inser Matilda att hon måste ner i underjorden för att hämta tillbaka Sabines själ. Det är ju det enda som kan rädda Jonatan ¿ att Sabine kan vakna ur koman och själv peka ut vem som gjorde henne så illa. Detta är något så unikt som en fantasyroman i modern svensk miljö, som är uppbyggd kring bland annat den nordiska mytologin. Berättelsen har en tilltalande poetisk ton och författaren utnyttjar skickligt glidningen mellan olika verkligheter. Till skillnad från många andra fantasyromaner är Isflöjten härligt fast förankrad i verkligheten. Matilda är en sympatisk bekantskap, som växer genom det hon får uppleva och vara med att påverka.