Svarta fanor är en satirisk tidsskildring och samtidigt en religiös roman. Titeln anspelar på de svarta fanor som ateisterna gick under. Bland förebilderna för romanens karaktärer finns bland andra Gustaf af Geijerstam (Zachris) och Ellen Key (Hanna Paj). Svarta fanor gavs ursprungligen ut år 1907, denna återutgivning är baserad på den censurerade utgåvan från 1921, och var August Strindbergs sista roman.