Dykaren och flygofficeren Anton Modin lämnar sin tjänst på Sektionen för Särskild Inhämtning, den mest hemliga fraktionen inom den militära underrättelse och säkerhetstjänsten. Han har just mist sin hustru och sina två barn vid Estonias förlisning och han är övertygad om att SSI bär skulden för det som inträffat.

Fjorton år senare kommer Modin en väl bevarad hemlighet på spåren. Det rör sig om en sovjetisk ubåt som den svenska marinen under kalla krigets sista år sänkte i Stockholms skärgård. Morell beslutar sig för att - bokstavligt talat - gå till botten med den sjunkna ubåtens mysterium, en operation som innebär att han sätter rikets säkerhet på spel och gör sig till lovligt byte för svensk, rysk och amerikansk säkerhetstjänst. Han tvingas liera sig med sina forna kollegor på SSI och den idylliska skärgården där ubåten någonstans gömmer sig blir nu platsen för ett veritabelt gerillakrig mellan SSI och SÄPO. Anton Modin söker sanning och upprättelse, men är också fast besluten att utkräva hämnd för den familj han förlorat.

Spionen på FRA är en djupt initierad spänningsroman om ubåtskränkningar och spioneri inom FRA och underrättelsetjänsten. Den bygger på egna erfarenheter och åratal av arkivforskning och samtal med personer som varit verksamma inom underrättelseväsendet eller på annat sätt haft inblick i de händelser som boken anspelar på.