Johan Åberg fotograferar det gamla industriområdet vid Järlasjön i Nacka, en rå och sliten miljö som fascinerar honom. När två unga kvinnor hittas mördade i sjön berör det Johan djupt. Synerna som förföljer honom antyder att han vet mer om det som har hänt än han förstår. Snart dras han in i ett triangeldrama som förändrar hans liv för alltid. Sexton år senare har industriområdet omdanats. Här bjuds det goda livet i vackra ljusa bostäder intill sjön. Det är hit Johan motvilligt återvänder, nu en trasig man plågad av huvudvärk, minnesluckor och vålnaderna som hemsöker honom. Kvinnorna i sjön är en suggestiv skräckroman, en djupt psykologisk thriller som utforskar vad vi egentligen vet om oss själva, vad som händer i våra drömmar och vad vi väljer att minnas. Johans upplevelser ställs mot berättelsen om en plats med en mörk hemlighet. I bakgrunden ligger spökhistorien om de dränkta kvinnorna, de som enligt sägnen visar sig för de levande.