Den unga flickan Rakel hålls undangömd på vinden av sin mor på grund av sitt utseende. Rakel smyger ut ibland om nätterna eftersom hon är en flicka som aldrig sover. Hon stöter ihop med en man som också har svårt att sova om nätterna, maran rider honom och ger honom ingen ro. Mötet med mannen utvecklar sig snart till en besatthet.
Johanna och Georg lever ett stilla familjeliv med döttrarna Vera och Mary. Något är inte som det ska med Mary men bara Georg och den gamla kvinnan Sofia tycks märka det. Johanna börjar arbeta på prästgården och märker snart att det inte bara är levande människor som huserar på gården.
Kyrkoherde Dalborg bryter samman och hamnar på Säters sjukhus. Sakta men säkert återhämtar han sig och blir förälskad i sköterskan Elin. De blir ett par och planerar giftermål. Men inte alla är glada åt det nya paret och någon vakar i mörkret.
"Näckens döttrar" är en fristående fortsättning av "Att de i tid må väckas".