Budapestin synnit on tumma ja todentuntuinen matka Unkariin kohtalokkaalla hetkellä. Sodan uhka on kaikkialla, mutta poliittisille pelureille ja rikollisille hetki on otollinen. Syyskuu 1939. Sota on syttynyt, ja Unkariin virtaa pakolaisia Puolasta. Budapestissa nuori nainen surmataan kylpylässä, ja lehtimies Gordon saa oudon vihjeen: uhri haluaa tavata hänet. Samaan aikaan entinen poliisi Sándor Nemes saa erikoisen työtarjouksen: hänen pitää jäljittää kadonnut lääkelähetys. Nemes tuntee Budapestin synkän puolen, mutta vähä vähältä paljastuva totuus kammottaa häntäkin. Tutkimuksen kuluessa vastaan tulee Gordon, joka seuraa jälkiä toisesta suunnasta.