Henrik Lerner har forskat på relationer mellan människa och djur samt begreppsbildning inom veterinärmedicin och humanmedicin. Framförallt har begreppen hälsa, välbefinnande och välfärd studerats. Numera ligger fokus på vilka förklaringsmodeller som finns för relationen mellan häst och människa och vad dessa betyder för hästunderstödd terapi.

Han forskar också kring filosofin bakom ”One Health”-rörelsen, ett initiativ som arbetar för att ena veterinärmedicin, humanmedicin och biologi med avseende på hälsa.

Dessutom har han forskat på begreppet traditionell kunskap och dess konsekvenser för artbevarande.